Сайт не открывается, вместо этого предлагается скачать файл download.php

Такая ситуация возникает в случае, когда вы пытаетесь переопределить файлы, обрабатываемые PHP в файле .htaccess, например, так:
RemoveHandler .html .htm AddType application/x-httpd-php .php .htm .html
Такую конструкцию можно использовать только в случае, когда PHP работает в режиме mod_php. На наших серверах PHP работает именно в этом режиме, поэтому проблем быть не должно.